当今医药营销环境发生巨变：“两票制”和“统一招标采购”促使物流秩序和环节发生了改变，销售结构发生了改变，利益分配方式发生了改变。所有的变化都迫切要求专业化、规范化的代理体制的出现。代理制要走向专业化和标准化就必须实施规范的佣金操作，佣金制代理必将成为中国特色的代理制。
佣金制也叫“提成制”，是直接按销售额的一定比例确定销售人员报酬的一种工资制度，它是根据业绩确定报酬的一种典型形式，主要用于销售人员的工资支付制度。佣金代理是指代理商的收入主要来自佣金的一种代理方法。此种代理的特征有：代理商自身无定价权，只能按照厂家制定的价格销售；经销风险低，利润水平较稳定。
代理关系的佣金代理商在法律上与厂商是纯粹的代理关系。代理商仅为厂商在当地推销其产品，并在厂商授权下，以厂商名义直接与当地商业或医院签订买卖合同。产品的价格完全由厂家指定或由代理商根据当地实际情况与厂商共同确定。在商业向厂家回款后，代理商向厂家索取佣金作为报酬。在销售过程中，代理商不以自己的名义进货，即不直接从药厂购买产品，只起信息流、服务流、促销流作用，而资金流、物流、所有权流则通过药厂、商业、医院、医生、患者完成。
佣金代理方式是指代理商的收入主要是佣金收入，厂家对于终端市场和终端价格拥有了更强的控制权。
在市场方面，原来逃税带来的利益逐渐被国家监管压缩，开票买票从过去的2个点飙升到了10~12个点，距离正规增值税开票16.2个点已经不远，差额的利润和风险的后果严重不对称，许多代理商开始直接在厂家开票，少了利润，也少了很多回款上的周折麻烦，集中精力放在临床推广业务上来。
找厂家开票，款就回到了企业，再由企业给代理商结算，这样企业的主动性增大，却也增加了账务风险。对此，企业要是没有很好的解决方法（可通过学术营销费用及专业公司外包费用来解决），就会捅出大窟窿。笔者想表明的意思是，传统药品代理的职能因此而在退化和变形，有促成全面佣金制的趋向。
