2009年起，泰州市新型农村合作医疗启用新的基本药物目录（2009年修订版），新目录在原有基础上增加了近百种药品。
据了解，新的基本药物目录按照安全、可靠、有效、价廉的原则，几乎每一个类别的药物都有增加。新的基本药物目录分市（区）级和乡（镇）级两个类别管理，适用于对应范围的新型农村合作医疗定点医疗机构。所列药品包括西药、中成药、中药饮片3部分。西药品种共650个，其中乡（镇）级404个；中成药品种257个，其中乡（镇）级197个。
新的基本药品目录与以往最大的不同是西药名称采用中文通用名，这意味着参保农民可以报销的药品覆盖范围更广。目录还将《江苏省基本医疗保险和工伤保险药品目录》中所列中药饮片纳入报销范围，使基本药物达到千种左右，比原来的基本药品目录增加近百种。
新目录实施后，定点医疗机构使用目录外药品时，应事先向患者或家属说明情况，并征求意见，实行告知和签字制度。乡（镇）定点医疗机构目录外自费药品费用占总用药费用的比例应控制在5%以内，市（区）级定点医疗机构控制在10％以内，市级定点医疗机构控制在20％以内。
目前，泰州市纳入新农合范围的医疗机构有近200个，部分市区已将村一级社区卫生服务机构（站）纳入新农合范围。
