波特价值链理论告诉我们，唯有深入分析企业活动，才能准确把握企业的部门设置，确定关键部门。招商部要整合市场部（包括信息研究、广告、企划、市场督导）、市场拓展部（包括各区域招商经理）、销售部（一级中心城市、样板市场、直销等）。同时，生产、产品控制、培训、财务等同级部门要全力配合，以保证招商工作的顺利开展。必要时，可在区域招商经理下设协销经理，在终端和市场一线帮助“应招者”开拓市场。
在运作手法和技巧等方面，招商模式与传统渠道操作存在较大差异，甚至在人员素质、特长、经验以及管理、激励政策等方面，两者都不尽相同，因此，药企在招商期间一般应将招商部门与其他业务部门独立开来，并赋予其一定的职级高度、权限和有别于一般通路销售的激励机制，使其尽量在整体营销组织框架中享有较为灵活的权利。目前，药企的营销部门设置大致分为以下3类。
1.按区域划分。将全国或某一地区划分成若干区域，由不同的区域代理商实施开发，这种设置适合经营实力有限的中小型企业。
按照自然区域对营销部门进行划分，可以充分发挥区域代理商的优势，根据每个区域的不同情况开发维护市场。招商人员在充分了解当地的风土人情、用药习惯、市场行情、渠道信息等资料后，可以有针对性地开发市场，实现精细化开发。同时，企业实施核心区域市场战略，打造某一区域的样板市场工程，也可以极大地带动整个市场的开发，从而为分区域推广奠定坚实的基础。
2.按产品划分。按照产品线规划营销部门的机构设置，这类划分法多集中于产品不多的生产企业和拥有明星品种的专业化操作企业等，比如可划分为心脑血管产品销售部、肝病品种销售部、妇科品种事业部等产品线部门。
根据产品来规划招商部门的机构设置，可以很好地与临床渠道操作接轨，将某一品类的营销部人员打造成为某类产品领域的专家，增强营销人员对市场同类产品的把握，有针对性地对产品实施专业化运作，防止因窜货、渠道定位不明确而出现的各类问题。这种划分法适用于产品销量能满足代理商的心理期望、产品销售状况足够支持招商经理投入产出合理比值的企业。
3.按渠道划分。随着医药行业的不断发展，目前大多数医药企业的营销部门设置都按渠道划分，比如临床事业部、商业物流部、终端直营部等。这种设置适合于产品线比较混乱、产品种类繁多、又希望管理能面面俱到的企业，比如普药经营企业。
在当前的市场大环境下，按渠道设置营销部门比较科学。只有这样，企业才能很好地组合规划产品，跟进产品价值和企业战略，在不同的渠道间进行操作。同时，专业的渠道营销人员在详细掌握渠道特性后，投入有针对性的产品，辅以相应的市场营销策略，往往能大大提高产品的市场适应性和销量。
需要注意的是，按照渠道设立的营销部门必须以专业为前提，部门成员不仅是其所在渠道的专家，而且要与市场保持近距离接触，不断跟进渠道市场情况和发展趋势，进行专业化的渠道操作。
